De leergang systeeminnovatie bestond uit vijf werkateliers van een halve dag per maand en tussentijdse coaching- en intervisiesessies. Daarbij stond de Integrale Ontwerpmethode Openbare Ruimte (IOOR) centraal en maakten deelnemers kennis met de theorie van systeeminnovatie. Drie praktijkcasussen stonden centraal: het Wallengebied, Haven-Stad en het Integraal gebiedsplan als overkoepelend thema. De werkateliers volgden de methode Reflexief Interactief Ontwerpen (RIO) voor het anders definiëren van problemen en het vinden van ongebruikelijke maar behulpzame oplossingen. Daarbij kwamen in iedere sessie ook het leren samenwerken en reflectie op de eigen rol aan bod.