Het mikwe bestond uit een rechthoekige bak van 2,70 x 2,40 m met twee door een tussenmuur van elkaar gescheiden bassins (elk met een vloeroppervlak van 2,30 x 0,90 m). De vloer was geplaveid met rode geglazuurde plavuizen en de wanden bekleed met witte tegels. Beide bassins hadden een watertoevoer aan de oostelijke kopse kant. In een afvoer voorzag de constructie niet, iets dat bovendien niet mogelijk zou zijn geweest gezien de hoge grondwaterstand. Voor het legen van het bad, na ieder gebruik, moesten derhalve emmers of een pomp worden gebruikt. In de Nieuwe Synagoge lijkt gekozen te zijn voor het laatste. Om oppompen van het water te vergemakkelijken is een tweede (20 cm) verhoogde bodem met plavuizen aangelegd die enigszins schuin afliep naar één kant. In het zuidelijke bassin was op het diepste punt van de vloer een vierkante houten putje gemaakt waarin de slang van een pomp kon worden gehangen. Over de trapconstructie bestaat onduidelijkheid. Aannemelijk is dat de houten dwarsbalken in de vloer een eenvoudige houten, wellicht uitneembare, trapconstructie hebben gedragen. In het noordelijke bad bevond zich een haak in de muur. Voor de herkomst van het water, waarvan 500 liter stromend water moest zijn, bestaan een aantal mogelijkheden. In de noordwest hoek van het badvertrek, ingesloten tussen de muur waartegen het bad gebouwd is en de noordelijke synagogemuur, bevond zich de opvangbak van (vermoedelijk) een koker waardoor natuurlijk stromend (regen)water vanaf de dakgoot naar de badruimte geleid kon worden. Hoe het water de twee toevoergaten bereikten kon door gebrek aan opgravingsruimte niet worden achterhaald. Opvallend is dat de hoogte van beide toevoergaten (25 tot 30 cm boven de badvloer) het niveau van het kosjere water markeert. Nadat dit peil was bereikt werd het bad bijgevuld met water dat mogelijk afkomstig was uit de ten oosten van het mikwe gelegen waterput. Dit water mocht verwarmd worden. Hiervoor diende een oven naast het bad waarop een ketel kon worden geplaatst.
Wat maakte de opgegraven structuur een mikwe en geen waterkelder? Deze laatste bouwsels kwamen immers in het 18de-eeuwse Amsterdam veelvuldig voor en vertoonden een grote gelijkenis met het bad. In de eerste plaats ontbrak ieder spoor van een gewelf, waarmee waterkelders waren overkluisd. In plaats van een binnenwaartse kromming (gewelf) bogen de wanden van de lange zijden en oostelijke korte kant zelfs licht naar buiten. Ten tweede ontbraken de voor waterkelders typerende loden buizen voor het aanvoeren en oppompen van het water. In plaats daarvan hadden beide bassins een watertoevoer in de oostelijke kopse kant. De wanden van waterkelders waren bekleed met baksteen of plavuizen, maar zelden met witte tegels. Tenslotte had een waterkelder weliswaar een zwaar gefundeerde bodem, maar nooit twee vloerniveaus zoals met de bak onder de Nieuwe Synagoge het geval was. De uiteindelijke conclusie is dat deze mikwe een unieke symbiose van joodse tradities en Amsterdamse bouwpraktijk vertegenwoordigde. Bouwtechnisch is het bad gebaseerd op de typische principes van een 18de-eeuwse waterkelder, maar is het aangepast aan de rituele eisen van een mikwe.
Resten van het mikwe-bassin
Meer informatie is te vinden in rapport AAR8 (zie documenten)